Перестройка 1985—1991 в СССР породила демократическую волну и возрождение национальных традиций. Поэтому к 1991 году в Таджикистане сформировалась исламская демократическая оппозиция. После коллапса СССР 25 декабря 1991 независимое таджикское государство возглавил бывший первый секретарь компартии и ходжентский олигарх Рахмон Набиев, который избрал политику лавирования между различными политическими силами. Весной 1992 в стране назрел политический кризис. Душанбе разразилось многотысячными демонстрациями протеста, проходивших на площади Шохидон. Жителей Душанбе поддержали каратегинцы и памирцы. Однако 1 апреля 1992 года был организован альтернативный проправительственный митинг на площади Озоди, где собрались выходцы из Куляба. В стране оформилось территориальное противостояние между Кулябом и Хождентом с одной стороны, и Каратегином и Памиром — с другой.
17 апреля 1992 года моджахеды свергли коммунистический режим Наджибуллы. Все видели явные параллели: Наджибулла — Набиев. Из участников двух митингов началось формирование вооруженных отрядов, между которыми 5 мая начались столкновения. Перевес был на стороне оппозиции, поэтому, памятуя афганский пример, Набиев пошел на уступки. 7 мая кулябцы с площади Озоди были отправлены по домам, однако оружие у них не изъяли. Позже именно эти «национальные гвардейцы» подняли восстание в Кулябе в июне. Оппозиция пыталась развить успех и свергнуть Набиева, однако Набиева неожиданно и самовольно поддержали офицеры 201-й дивизии советской армии во главе с полковником Заболотным. По толпе был открыт огонь. Были убитые и раненые. Авантюра Заболотного сохранила режим Набиева, однако вызвало всплеск антирусских настроений и породило массовый исход русских из Таджикистана.
11 мая 1992 в Душанбе было сформировано Правительство Национального Примирения, при котором к власти фактически пришла исламская демократическая оппозиция, однако номинально главой государства оставался Набиев.
В июне 1992 бывшие ополченцы с площади Озоди сформировали вооруженные отряды под командованием Сангака Сафарова и подняли мятеж в Кулябе.
В августе 1992 Набиев окончательно потерял контроль над ситуацией и скрылся в распоряжении 201-й мотострелковой дивизии российской армии. 7 сентября он тайно бежал в родной Ходжент, который также как и Куляб не контролировался исламским правительством в Душанбе. Для борьбы с антиправительственными силам были созданы полки национальной самообороны.
Мятежникам удалось 27 сентября захватить Курган-Тюбе (район между Кулябом и Узбекистаном) и продвинуться на север в направлении столицы. К октябрю 1992 количество погибших измерялось 15-20 тысячами человек. Но в это время кулябские отряды при помощи русских и узбекских военных специалистов были преобразованы в Народный Фронт.
24 октября 1992 Народный Фронт предпринял первую, но неудачную попытку взять штурмом Душанбе.
16 ноября 1992 в Ходженте во главе сил оппозиции был утвержден кулябец Эмомали Рахмонов — сподвижник Сафарова.
Декабрь 1992 — после мощного артобстрела бойцы Народного Фронта практически без боя заняли Душанбе. Рахмонов стал главой Таджикистана. Исламисты вновь перешли в оппозицию.
Далее шли в основном позиционные бои вдоль таджикско-афганской границы, за которую были вытеснены отряды таджикских исламистов, а также бомбежки узбекской авиацией восточных районов республики, где были позиции моджахедов.
В 1996 году талибы взяли власть в Кабуле. Таджикские моджахеды во главе с Бурхануддином Раббани и Ахмад Шахом Масудом образовали оппозиционный Северный Альянс.
27 июня 1997 — примирение. Оппозиция получила места в парламенте, моджахеды вошли в состав действующей армии, а беженцы стали возвращаться из Афганистана.
3-10 ноября 1998 — мятеж полковника Худойбердыева в Ходженте.
1999 — Попытка прохода отряда узбекских моджахедов под предводительством Намангани с территории Таджикистана (Каратегин) в Узбекистан через Киргизию.